Fort Myers Beach si trova al limite occidentale della Estero Bay Aquatic Preserve, un sistema di estuari di 15.000 acri designato come area protetta nel 1966 e che ospita più di 220 specie di uccelli, tursiopi dell'Atlantico, lamantini delle Indie occidentali e foreste di mangrovie rosse che formano tunnel e precedono di secoli l'insediamento europeo. Le isole barriera e i canali di marea che definiscono questo tratto della costa del Golfo della Florida creano una zona di transizione salmastra dove le zone umide d'acqua dolce incontrano il Golfo aperto, producendo una delle più alte concentrazioni di biodiversità marina per miglio quadrato negli Stati Uniti continentali. A differenza della pagaiata in mare aperto, i tunnel di mangrovie che si snodano attraverso Estero Island e Mound Key offrono corridoi navigabili protetti dal vento e dal sole, con i loro sistemi radicali ad arco che stabilizzano la costa e fungono da habitat di riproduzione per giovani snook, pesci rossi e trote marine. L'accesso in kayak a questi habitat divenne commercialmente redditizio alla fine degli anni '90, quando i kayak ricreativi sit-on-top e i modelli da turismo leggeri sostituirono le pesanti piroghe in legno utilizzate dai pescatori Calusa per millenni. Oggi, i tour guidati partono dai punti di imbarco lungo Connecticut Street, Lovers Key State Park e le zone interne di Matanzas Pass, con ogni percorso calibrato sulle finestre di marea per massimizzare gli avvistamenti della fauna selvatica e ridurre al minimo la resistenza della corrente. Le partenze mattutine tra le 9:00 e le 11:00 coincidono con i modelli di alimentazione dei delfini e con temperature ambientali più fresche; le temperature dell'acqua nella baia durante l'estate possono superare i 31°C entro mezzogiorno, riducendo l'attività in superficie dei mammiferi marini. Il Mound House Archaeological Park, situato al 451 di Connecticut Street, funge sia da punto di riferimento culturale che da centro interpretativo ecologico per i canoisti che esplorano i cumuli di conchiglie preistorici dell'isola. I cumuli di gusci di ostriche del sito si elevano per 12 piedi sopra il livello del mare, testimonianza di un'occupazione costante dei Calusa dal 50 al 1750 d.C., e l'accesso diretto all'estuario della proprietà la rende un punto di partenza naturale per tour che incorporano sia la storia naturale che il contesto indigeno. Diversi operatori offrono ora kayak con fondo trasparente, consentendo l'osservazione in tempo reale di letti di alghe marine, limuli e razze senza necessità di immersione. I tour in kayak a Fort Myers Beach si concentrano su rotte di acqua salata che massimizzano la probabilità di incontro, rispettando al contempo le normative federali sull'approccio ai mammiferi marini. Le guide trasportano idrofoni per rilevare le vocalizzazioni dei lamantini e mantengono distanze minime di 50 piedi dagli animali a riposo, secondo le linee guida NOAA applicate tutto l'anno in queste acque. Il basso pescaggio dell'estuario, che in media varia da quattro a sei piedi all'alta marea, consente condizioni di pagaiata stabili per i principianti, offrendo al contempo una profondità sufficiente per consentire alla grande fauna marina di muoversi liberamente tra le zone di alimentazione e di riposo.