Fort Myers Beach est situé à l'extrémité ouest de la réserve aquatique d'Estero Bay, un système d'estuaire de 15 000 acres désigné comme zone protégée en 1966. Il abrite plus de 220 espèces d'oiseaux, des grands dauphins de l'Atlantique, des lamantins des Caraïbes et des forêts de palétuviers rouges formant des tunnels, dont l'existence précède de plusieurs siècles l'installation européenne. Les îles barrières et les criques soumises aux marées qui définissent cette partie de la côte du golfe de Floride créent une zone de transition saumâtre où les zones humides d'eau douce rencontrent le golfe ouvert, produisant l'une des plus fortes concentrations de biodiversité marine par mile carré aux États-Unis continentaux. Contrairement à la navigation en eau libre, les tunnels de palétuviers qui serpentent à travers Estero Island et Mound Key offrent des corridors navigables protégés du vent et du soleil, leurs systèmes racinaires arqués stabilisant le rivage et servant d'habitat de nurserie pour les juvéniles de snooks, de sérioles et de truites de mer. L'accès en kayak à ces habitats est devenu commercialement viable à la fin des années 1990, lorsque les kayaks de plaisance sit-on-top et les modèles de tourisme légers ont remplacé les lourdes pirogues en bois utilisées par les pêcheurs Calusa pendant des millénaires. Aujourd'hui, des visites guidées partent des points de lancement le long de Connecticut Street, de Lovers Key State Park et des eaux arrière de Matanzas Pass, chaque itinéraire étant calibré en fonction des marées pour maximiser les observations de la faune et minimiser la résistance au courant. Les départs matinaux entre 9h00 et 11h00 correspondent aux habitudes alimentaires des dauphins et aux températures ambiantes plus fraîches ; les températures de l'eau dans la baie en été peuvent dépasser 31°C (88°F) à la mi-journée, réduisant l'activité de surface des mammifères marins. Le parc archéologique de Mound House, situé au 451 Connecticut Street, sert à la fois de point de repère culturel et de centre d'interprétation écologique pour les pagayeurs explorant les amas coquilliers préhistoriques de l'île. Les monticules de coquilles d'huîtres du site s'élèvent à 12 pieds au-dessus du niveau de la mer, témoignage d'une occupation Calusa prolongée de 50 à 1750 après J.-C., et l'accès direct de la propriété à l'estuaire en fait une base naturelle pour les excursions incorporant à la fois l'histoire naturelle et le contexte autochtone. Plusieurs opérateurs proposent désormais des kayaks à fond transparent, permettant une observation en temps réel des herbiers marins, des limules et des raies sans nécessiter d'immersion. Les excursions en kayak à Fort Myers Beach se concentrent sur des itinéraires en eau salée qui maximisent la probabilité de rencontres tout en respectant les réglementations fédérales sur l'approche des mammifères marins. Les guides utilisent des hydrophones pour détecter les vocalisations des lamantins et maintiennent une distance minimale de 50 pieds des animaux au repos, conformément aux directives de la NOAA appliquées toute l'année dans ces eaux. Le faible tirant d'eau de l'estuaire, en moyenne de quatre à six pieds à marée haute, permet des conditions de pagaie stables pour les débutants tout en offrant une profondeur suffisante pour que la grande faune marine puisse se déplacer librement entre les zones d'alimentation et de repos.