Fort Myers Beach liegt am westlichen Ende des Estero Bay Aquatic Preserve, einem 15.000 Hektar großen Ästuar-System, das 1966 unter Schutz gestellt wurde und mehr als 220 Vogelarten, Große Tümmler, westindische Rundschwanzseekühe und tunnelbildende Rote Mangrovenwälder beherbergt, die Jahrhunderte vor der europäischen Besiedlung existierten. Die Barriereinseln und Gezeitenbäche, die diesen Abschnitt der Golfküste Floridas prägen, bilden eine brackige Übergangszone, in der Süßwasser-Feuchtgebiete auf den offenen Golf treffen, was zu einer der höchsten Konzentrationen an mariner Biodiversität pro Quadratmeile in den zusammenhängenden Vereinigten Staaten führt. Im Gegensatz zum Paddeln auf offenem Wasser bieten die Mangroventunnel, die sich durch Estero Island und Mound Key ziehen, schiffbare Korridore, die vor Wind und Sonne geschützt sind, wobei ihre gewölbten Wurzelsysteme die Küstenlinie stabilisieren und als Kinderstube für junge Schnapper, Umberfische und Forellenbarsche dienen. Der Kajakzugang zu diesen Lebensräumen wurde in den späten 1990er Jahren kommerziell nutzbar, als Sit-on-Top-Freizeitkajaks und leichte Tourenmodelle die schweren hölzernen Einbaumkanus ersetzten, die die Calusa-Fischer über Jahrtausende nutzten. Heute starten geführte Touren von Anlegestellen entlang der Connecticut Street, dem Lovers Key State Park und den Rückgewässern des Matanzas Pass; jede Route ist auf Gezeitenfenster abgestimmt, die Tiersichtungen maximieren und den Strömungswiderstand minimieren. Abfahrten am Morgen zwischen 9:00 und 11:00 Uhr richten sich nach den Fressmustern der Delfine und den kühleren Umgebungstemperaturen; die Wassertemperaturen in der Bucht können im Sommer bis zum Mittag 31°C (88°F) übersteigen, was die Aktivität der Meeressäuger an der Oberfläche reduziert. Der Mound House Archaeological Park, gelegen in der 451 Connecticut Street, dient sowohl als kultureller Wegpunkt als auch als ökologisches Informationszentrum für Paddler, die die prähistorischen Muschelhaufen der Insel erkunden. Die Austernschalen-Hügel des Geländes ragen 3,5 Meter über den Meeresspiegel hinaus und zeugen von der anhaltenden Besiedlung durch die Calusa von 50 bis 1750 n. Chr. Der direkte Zugang des Anwesens zum Ästuar macht es zu einem natürlichen Ausgangspunkt für Touren, die sowohl Naturgeschichte als auch indigene Kontexte einbeziehen. Mehrere Anbieter bieten jetzt Kajaks mit klarem Boden an, die eine Echtzeit-Beobachtung von Seegraswiesen, Pfeilschwanzkrebsen und Stachelrochen ermöglichen, ohne dass man untertauchen muss. Kajaktouren in Fort Myers Beach konzentrieren sich auf Salzwasserrouten, die die Wahrscheinlichkeit von Begegnungen maximieren und gleichzeitig die föderalen Vorschriften zur Annäherung an Meeressäuger respektieren. Die Guides führen Hydrophone mit, um die Laute der Seekühe zu erfassen, und halten einen Mindestabstand von 15 Metern zu ruhenden Tieren ein, gemäß den NOAA-Richtlinien, die in diesen Gewässern ganzjährig durchgesetzt werden. Der geringe Tiefgang des Ästuars – durchschnittlich 1,2 bis 1,8 Meter bei mittlerer Flut – ermöglicht stabile Paddelbedingungen für Kajak-Anfänger und bietet gleichzeitig ausreichende Tiefe, damit sich große marine Lebewesen frei zwischen Fress- und Ruhezonen bewegen können.